Khoubilaï réclama l’hommage du Japon mais nous savons tous que les mongols (45.000 hommes) dépaysés et leurs alliés sino-coréens (120.000 hommes) de médiocre valeur militaire, ne purent tenir contre la furie japonaise. Finalement le 15 août 1281, un typhon terrible dispersa ou détruisit l’escadre mongole qui, coupée de ses bases, fut alors prise et massacrée.

Khubilai ne fut guère plus heureux dans le Sud-est asiatique, pièce maîtresse de son économie. Le commerce de la Chine dépendait en effet assez largement de l’Indonésie, de Ceylan et de l’Inde vers où elle exportait la soie brute et travaillée et d’où elle importait en échange les pierres précieuses, le sucre et surtout les épices que la Chine appréciait plus encore que l’Europe. Les navires qui naviguaient entre la Chine, les îles de la Sonde et les côtes orientales et septentrionales de l’Inde, longeaient d’abord les rives de la péninsule indochinoise car ils évitaient autant que possible de gagner la haute mer.
Il était donc tentant de contrôler ces rives puis d’installer des comptoirs dans les pays fournisseur et clients, voire de les vassaliser.

L’Indochine était alors partagée entre quatre grands états :
- Le royaume d’Annam (Tonkin et nord de l’Annam), de culture sinisante,
- le royaume de Champa (Centre et sud de l’Annam), de race malayo-polynésienne et de culture indienne, brahmanique et bouddhique
- l’empire Khmer, de race môn-khmer, également de culture indienne, brahmanique et bouddhique
- l’empire Birman, de race birmano-tibétaine et de culture indienne et de religion bouddhique

En 1285, Khoubilai s’attaqua aux annamites et envoya au Tonkin une armée nombreuse, commandée par un de ses fils. Elle pénétra jusqu’à Hanoi mais fut ensuite battue dans le delta du fleuve rouge et rejetée en Chine. Une nouvelle expédition mongole par le Tonkin occupa encore Hanoi en décembre 1287 mais ne put s’y maintenir et dut quitter le pays.
Le roi d’Annam, qui avait victorieusement résisté à toutes les attaques, rentra alors en triomphe dans sa capitale. Cependant, dès mars 1288, il jugea prudent de se reconnaître vassal de Khoubilai.